المضاعفات المتأخرة عن الأمراض المنقولة جنسيا، والتي لم يتم تشخيصها وعلاجها في الوقت المناسب، تشمل ضررا غير قابل للإصلاح (Irreversible) في الجهاز العصبي (الزهري)، التهاب العينين والمفاصل (السيلان)، الفشل الكبدي (Hepatic failure - التهاب الكبد الفيروسي) والعوز المناعي (Immunodeficiency - الايدز).