تنقسم الجزيرة من الناحية الإدارية إلى 78 بلدية، وكل بلدية مسؤول عنها العمدة ينتخبه الشعب كل 4 سنوات، أمّا أهم المُدن الرئيسية في الجزيرة فهي: مدينة بايامون، ومدينة غواينابو، ومدينة بونثى، وكاجواس، وأريثيبو أو تروخيو العليا، وكاتانيو، بالإضافة لِمدينة مايا جويز، كما توجد في جزيرة بورتو ريكو جزيرتان ضمن بلدية واحدة وهما: جزيرة كوليبرا، وجزيرة بيكيس، واللتان تقعان في الجهة الشرقية من الجزيرة الرئيسية.